Primeiro cumpre esclarecer que o foco está no VirtualBox, instalado em uma distribuição Debian 7.6.0 (32 bits), mas isso deve ser possível com qualquer outro virtualizador e/ou versão Linux, desde que feitas as devidas adaptações.

O procedimento é muito simples. Criamos um script que usa configurações estáticas. Logicamente, este programa requer VirtualBox instalado e funcionando, com o aplicativo vboxmanage devidamente configurado. O apt-get resolve isso na maioria dos casos em distribuições Debian (ou baseadas em Debian). Também requer máquinas virtuais criadas e previamente configuradas. Lembre-se de que o usuário que cria as VMS é o único que poderá controlá-las. Aqui no site tem muita dica boa sobre criação e administração de VMS (inclusive na linha de comando), e na internet tem mais uma pá de coisas muito boas (inclusive em inglês), portanto, não mencionarei esses procedimentos aqui. Pouco provável o contrário, mas os programas "su" e "update-rc.d" também devem estar instalados. O interpretador de comandos que eu usei foi o bash.

Considerações:

1. Como usuário root do sistema, grave o arquivo/script no diretório /usr/local/bin";

2. Com o arquivo/script gravado, dê permissão de execução a ele com o comando:

# chmod +x /usr/local/bin/nome_do_script

3. Crie um link simbólico desse arquivo para o diretório "/etc/init.d":

# ln -s /usr/local/bin/nome_do_script /etc/init.d

4. Atualize a lista de programas iniciados no boot com o comando:

# update-rc.d nome_do_script defaults

Para ser mais prático, e considerando que a intenção é rodar esses comandos no boot/desligamento, você também poderia gravar/criar o arquivo/script em "/etc/init.d". Eu preferi fazer um link simbólico. Usar o usuário root para gravação do arquivo/script é uma atitude não obrigatória, fica a seu critério (logicamente, há implicações decorrentes). Dependendo das configurações das VMS ou/e da capacidade de processamento/carga do seu servidor, isso pode atrasar um pouco a inicialização ou desligamento da máquina. Perceba que todas as VMS têm o mesmo dono.