Troquei a localização do idioma do meu Gnome para inglês e ao reiniciar a sessão o ç não funcionou mais. Aparentemente isso acontece porque o mapa americano (EUA) do teclado us_intl está com ć ao invés de ç.

Se usar Gnome (GTK) ou KDE (QT) é relativamente fácil resolver. Se tiver problema com outras bibliotecas gráficas terá que mudar o mapa do teclado no XOrg.

Pode simplesmente acrescentar as linhas abaixo em /etc/environment.

GTK_IM_MODULE=cedilla
QT_IM_MODULE=cedilla