Caros, após um período de pesquisa consegui criar este script que na inicialização adiciona configurações de proxy, sites locais e marca a opção de não utilizar proxy para endereços locais. Em redes com domínio é possível realizar o procedimento via G.P.O.

Como a necessidade era outra e utilizo o Squid 3 como proxy, segue a dica caso alguém precise.

A receita é a seguinte:

Abra um bloco de notas, copie e cole o conteúdo do script abaixo, faça as alterações de acordo com o que precisem.

Em opções de salvar, salve como "nome_que_quiser.vbs" (com a extensão VBS).

Altere o logon.bat de seu domínio ou máquina cliente. Coloquei para abrir o script após terminar de mapear as pastas da rede.

Exemplo:

net use f: \\servidor\pasta /y

\\servidor\netlogon\scriproxy.vbs

O usuário não tem interação e as configurações não precisam ser feitas máquina a máquina, visto que algumas redes possuem várias estações e etc.

Valeu.