Por padrão os sistemas de arquivos ext3 e ext4 do linux reservam 5% do seu espaço total para o usuário root. Se uma partição tem 100GB, um usuário comum só terá acesso a 95GB, os outros 5GB servem para que o usuário root possa acessar o sistema e recuperá-lo caso a partição esteja com 100% de ocupação.

Acredito que isso seja extremamente necessário para um servidor, mas para desktops ou laptops acho que é um desperdício de espaço. Num HD de 4TB essa reserva seria de 200GB.

Para diminuir essa reserva a 0 basta executar o comando abaixo

# tune2fs -m 0 /dev/sda1

Logicamente você deve substituir o /dev/sda1 pela partição que deseja diminuir a reserva.