O Git é um excelente sistema de controle de versões distribuído e o Eclipse é um excelente IDE. Como o Git ainda não vem por padrão no Eclipse, a solução é instalar o EGit.
O EGit é um projeto do próprio eclipse em processo de “incubação”, ou seja, futuramente deve ser integrado ao projeto principal.
Para aprender mais sobre ele, acesse:
http://www.eclipse.org/egit/
http://wiki.eclipse.org/EGit/User_Guide
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