Para habilitar o Compiz, no Ubuntu 9.10, por exemplo, basta clicar com o botão direito na área de trabalho , em seguida na opção Alterar Plano de Fundo > Efeitos Visuais (Normal ou Extra, dependendo de sua placa de vídeo).
Para instalação do gerenciador com mais opções de efeitos e configurações basta digitar no console:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager gnome-art usplash startupmanager
Será instalado o Sistema de Configuração do Compiz, e apartir disso é só alegria. Lembrando que o Compiz só funciona em computadores com placas gráficas aceleradoras 3D.
E quem quiser passos mais detalhados, e um exemplo de configuração, segue o wiki:
http://wiki.ubuntu-br.org/InstalarComponentesDoCompiz
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