Eu considero esse um tema bem polêmico . Porque sempre estamos nos indagando qual o melhor Sistema Operacional para usarmos em nossas máquinas.
Entãos vamos falar dos prós e contras de cada sistema .

VANTAGENS

- Baixo custo
O Linux é baseado em software livre. Por isso, as empresas que distribuem o sistema não cobram pelo sistema em si, mas por serviços adicionais como publicação de manuais, suporte, treinamento, etc.

- Segurança
Qualquer instalação ou alteração do sistema, no Linux, requer a autorização do "usuário root", que é uma espécie de usuário especial do sistema. Com isso, dificilmente um vírus ou programa malicioso será instalado a não ser que você autorize, inserindo sua senha e nome de usuário.

Há ainda o fato de o sistema estar instalado em bem menos máquinas que o Windows, o que o torna menos visado pelos criadores de vírus.

-Comunidade de suporte ativa
Fóruns, listas de discussão, wikipages, e-groups, sites... É grande a lista de recursos disponíveis na Web para resolver problemas relativos a Linux. De problemas básicos (como dificuldade para executar um tipo de arquivo) a dúvidas mais complexas, é possível encontrar respostas em comunidades de usuários de software livre online.

DESVANTAGENS

- Incompatibilidade com equipamentos
Muitos softwares que permitem o funcionamento de certos equipamentos são feitos exclusivamente para Windows, o que pode dificultar muito o uso deles com o Linux.

Como o SuSE permite manter o Windows instalado, uma saída pode ser reiniciar o micro no ambiente Windows na hora de usar tais equipamentos. Há ainda os fóruns nos quais você pode compartilhar o problema com outros usuários e ver quais as soluções encontradas por eles. No caso da cópia do SuSE que instalamos em um notebook, o sistema não reconheceu corretamente o monitor. O problema foi resolvido, mas só depois de uma procura na Internet por informações técnicas do monitor.

- Formatos proprietários
Arquivos de áudio e vídeo nos formatos WMA e WMV, respectivamente, ligados ao programa Windows Media Player, da Microsoft, são dos mais usados na Internet. A TV UOL, por exemplo, transmite vídeos em WMV. Alguns desses formatos não rodam no Linux.

O Kaffeine, reprodutor de mídia que vem com o SuSE, é anunciado como uma alternativa ao tocador da Microsoft.

Windows

Algumas Vantagens: 
- O painel de controle é bem mais simples. Recursos visíveis e práticos.
-Tem os melhores players de mídia digital, os melhores programas atuais e práticos.
-Todo comando do Windows é simples.
-É usado por 95% dos computadores existentes.

Algumas desvantagens:
-Um dos mais populares e usados sistemas operacionais da atualidade é o windows, onde deixa a desejar em muitos aspectos como por exemplo, a facilidade de adquirir códigos maliciosos.
-A microsoft é uma das empresas líderes de mercado e mesmo assim ainda cobram preços exorbitantes por seu sistema operacional, além de que a cada versão nova que é lançada do windows requer uma máquina mais potente.