Com o software ffmpeg2theora você pode converter vários formatos de vídeo para o formato OGG Theora (formato de vídeo). Você pode baixar a última versão no sítio http://v2v.cc/~j/ffmpeg2theora/ .

No Ubuntu você pode criar um diretório "bin" no home (/home/usuario/bin/) salvar o arquivo lá. Não esqueça de dar as devidas permissões de execução com

$ chmod +x ffmpeg2theora-0.24.linux32.bin

ou

$ chmod 755 ffmpeg2theora-0.24.linux32.bin

Você pode criar um link simbólico com um nome mais fácil para facilitar na hora de converter o arquivo:

$ ln -s ffmpeg2theora-0.24.linux32.bin ffmpeg2theora

Pronto, agora basta ir até o diretório onde está o seu arquivo e fazer a conversão, exemplo abaixo cria um arquivo video.ogv :

$ ffmpeg2theora video.wmv