O que algumas pessoas gostariam que o Gimp tivesse, foi atendido. O Gimp em janela única. Não testei ainda, mas segue a dica:

Primeiro precisamos baixar dois arquivos e copiá-los para dentro de uma pasta:
babl 0.1.0 e gegl 0.1.0;

Depois vamos extrair e instalar. Entre na pasta criada e:

tar xvjf babl-0.1.0.tar.bz2
tar xvjf gegl-0.1.0.tar.bz2
cd babl-0.1.0
./configure
make
sudo make install
cd ../gegl-0.1.0/
./configure
make
sudo make install

Vamos instalar o git-core, software para interagir com o git e o libtool, necessário para configurar a compilação do Gimp:

sudo aptitude install git-core libtool

Vamos descarregar o código fonte da última versão do Gimp:
cd

git clone git://git.gnome.org/gimp

Compilar e instalar:

cd gimp
./autogen.sh --disable-gtk-doc --without-libtiff
make
sudo make install

Pronto. Para iniciar o gimp digite o comando (ou insira no atalho):

LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib /usr/local/bin/gimp-2.7

Para ativar o modo de janelá única, ative a opção em Janelas - Single window mode.

Para saber mais a respeito, acesse o link abaixo.
Fonte: MundoGeek