Um dia desses li um artigo do Morimoto entitulado "Conversão simples de vídeos com o Transmageddon e o Arista" e então instalei o Arista.

Achei muito fácil a conversão para diversos formatos com ele e realmente é muito eficiente.

Para instalar, faça o seguinte:

Adicione ao seu sources.list (sudo gedit /etc/apt/sources.list) as seguinte fontes:

deb http://ppa.launchpad.net/danielgtaylor/ppa/ubuntu jaunty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/danielgtaylor/ppa/ubuntu jaunty main

Atualize com sudo apt-get update

Ele vai dar erro da chave. Pegue o código numérico e insira no lugar dos ???

gpg --keyserver hkp://subkeys.pgp.net --recv-keys ???
sudo gpg --export --armor "???" | sudo apt-key add -
sudo apt-get update

E depois...

sudo apt-get install arista

Site do projeto: Arista transcoder