Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS
23 de Setembro de 2010, 0:00 - sem comentários aindaAMOS é um ferramenta para infraestrutura de montagem de genomas. É um software livre e de código aberto licenciado pela GNU/Linux.
AMOS é composto por três pacotes importantes:
* AMOScmp - Um comparativo de montagens;
* Minimus - Uma montagem básica para pequenas bases de dados;
* ABBA - Montagem impulsionada por sequencia de aminoácidos.
Leia Mais ...
Bioinformática - PhyML: alinhamento de sequências nucleotídicas em ambiente paralelo
23 de Agosto de 2010, 0:00 - sem comentários ainda
Por José Cleydson Ferreira da Silva
O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino ácido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades no mundo.
Bioinformática - Clustalw-MPI: Análise Filogenética utilizando computação paralela e distribuída
23 de Julho de 2010, 0:00 - sem comentários aindaPor José Cleydson Ferreira da Silva
O software Clustalw-MPI é a ferramenta mais popular na implementação de múltiplo alinhamento de sequência de DNA. Sua principal diferença entre o software ClustalX dá-se a que ele possui uma melhor performance computacional devido realização do processamento em paralelo ou distribuído.
Bioinformática - Análise Filogenética com Clustalx
23 de Julho de 2010, 0:00 - 2 comentáriosPor José Cleydson Ferreira da Silva
O Clustalx é um software para o alinhamento de sequências nucleotídicas, peptídicas e analises filogênicas. O Clustalx é software semi-livre segundo a sua forma de licenciamento. Embora possua características de software livre como permissão de execução de programa, não há permissão de uso para fins comerciais.
Bioinformática - Instalação do Mr Bayes em ambiente paralelo
23 de Julho de 2010, 0:00 - sem comentários aindaPor José Cleydson Ferreira da Silva
Um dos melhores softwares da área da bioinformática é o Mr Bayes. Seu maior dilema é o processamento em ambiente paralelo, portanto este documento relata a instalação do MrBayes em sua versão para processamento paralelo e adaptação para arquitetura 64 bits de versão do MrBayes para processamento paralelo.
